Le P^r Bourque s’est joint à l’Université McGill en 2010 et est professeur au Département de génétique humaine et directeur de la bioinformatique au Centre de génomique McGill. Au cours de son doctorat, il a travaillé sur les réarrangements génomiques dans l’évolution avec Pavel Pevzner à l’Université de Californie du Sud. De 2004 à 2010, il a travaillé au Genome Institute of Singapore, où il était chef de groupe principal et directeur associé de la biologie computationnelle et mathématique. Le P^r Bourque dirige le Centre canadien de génomique computationnelle (C3G), une plateforme bioinformatique de Génome Canada, et l’initiative McGill en médecine computationnelle (MiCM). Il est également à la tête du Centre de cartographie épigénomique de McGill, un projet qui supervise la génération et le traitement des données dans le cadre du Consortium canadien de recherche en épigénétique, environnement et santé (CEEHRC), qui est associé à l’International Human Epigenome Consortium (IHEC). Il est également président du groupe de travail sur l’analyse intégrative de l’IHEC.

Le P^r Bourque est membre du conseil consultatif de l’Institut de génétique des IRSC et fait partie du comité de consultants externes du projet Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE), financé par les États-Unis Il fait également partie du comité directeur de la Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) puisque deux de ses projets, CanDIG et EpiShare, ont été sélectionnés comme « Driver Projects » par l’organisation. Le P^r Bourque fait également partie du conseil consultatif de recherche de Calcul Canada, la plateforme nationale de calcul de haute performance, et de CANARIE, responsable de l’épine dorsale ultrarapide du réseau au Canada. En 2019, son leadership en matière d’infrastructure de recherche numérique a été reconnu et il a été nommé l’un des quatre directeurs du conseil des candidats de la nouvelle organisation qui coordonnera ces efforts pour le Canada. Cette nouvelle organisation est financée par le ministère de l’Innovation, des Sciences et du Développement économique du Canada (ISDE), avec un budget de 375 M$ au cours des cinq prochaines années, pour déployer et coordonner une infrastructure nationale (couvrant le calcul de haute performance, les logiciels et la gestion des données) qui soutiendra tous les domaines de recherche.